昭和58年7月に東京都の防災協力機関として、そして平成17年4月には 「武力攻撃事態等における国民の保護のための措置に関する法律」に基づき「指定地方公共機関」に指定され、辰巳支所及び立川支所には「防災行政無線」が設置されています。このため、東京都総合防災訓練に昭和53年より、また同訓練に併せて区・市が実施する地域総合防災訓練に昭和58年から毎年参加しています。
更に東京都及び日本赤十字社東京都支部と「災害時における血液製剤の供給業務に関する協定書」に基づき事業団主催の防災訓練として、千葉・神奈川・埼玉・山梨の各県所在の血液センターからの血液搬送訓練を実施しています。
災害対応能力の向上を目指し、56台すべての緊急血液供給車は4輪駆動車であり、各車両にはGPS機能付の広域デジタル無線を装備しています。
毎年9月には自主防災訓練を実施し 発災型の対応訓練として非常呼集訓練及び各被害想定に基づいた実践的な情報伝達及び血液供給の訓練を実施しています。
毎年実施される東京都・区市町村合同防災訓練ならびに地域防災訓練に参加しています。令和5年度は東京都・東村山市合同総合防災訓練、墨田区総合防災訓練に参加し、都・区・各防災機関との連携強化および地域防災力の向上を図っています。